Die Bauaufsicht wird von den Bauaufsichtsbehörden wahrgenommen. Der organisatorische Aufbau der Bauaufsichtsbehörden in NRW ist dreistufig: untere, obere und oberste Bauaufsichtsbehörde.

Untere Bauaufsicht
Jede Stadt über 25.000 Einwohner verfügt über eine untere Bauaufsichtsbehörde. Für Städte und Gemeinden unter 25.000 Einwohner nehmen die zuständigen Kreise die Aufgaben der Bauaufsicht wahr. Aufgabe der Bauaufsichtsbehörde ist die Überwachung der öffentlichen Vorschriften bei der Errichtung, Änderung, dem Abbruch, der Nutzung, der Nutzungsänderung sowie der Instandhaltung baulicher Anlagen.

Abwehr von Gefahren für die öffentliche Sicherheit und Ordnung
Darunter ist z.B. die Standsicherheit von Gebäuden, die Vorschriften über den Brandschutz sowie die Vorschriften über die Mindestabstände zwischen baulichen Anlagen (Abstandsflächen) zu verstehen.

Vollzug städtebaulicher Planungen
Die Beurteilung der städtebaulichen Voraussetzungen für ein Bauvorhaben wird im bauaufsichtlichen Verfahren geprüft.

Vollzug von Vorschriften aus weiteren Fachgesetzen
Eine sehr große Anzahl von Vorschriften, z.B. Denkmal-, Immissionsschutz-, Straßen - und Umweltrecht, enthalten ebenfalls Anforderungen an das Bauen. Der Vollzug dieser Vorschriften aus dem sogenannten Baunebenrecht unterliegt ebenfalls der Bauaufsicht.

Obere Bauaufsicht
Hauptaufgabe der Bezirksregierung als obere Bauaufsichtsbehörde ist die Wahrnehmung der Fachaufsicht über die Bauaufsichtsbehörden der 10 kreisfreien Städte und der 5 Kreise des Regierungsbezirks Düsseldorf. Im Einzelnen geschieht dies anhand der Prüfung von Bürgereingaben und Petitionen, durch Geschäftsprüfungen bei Bauaufsichtsbehörden sowie durch Stellungnahmen zur Zulässigkeit der Ansiedlung großflächiger Einzelhandelsbetriebe und Einkaufszentren. Weitere Aufgaben der Bezirksregierung im Rahmen der Bauaufsicht sind die Beurteilung von Bauvorhaben öffentlicher Bauherren und die Anerkennung von Sachverständigen nach der Prüfverordnung (PrüfVO NRW).

Oberste Bauaufsichtsbehörde
Die oberste Bauaufsicht ist das zuständige Fachministerium.  Dieses ist u.a. zuständig für den Erlass von Rechtsverordnungen und der zur Durchführung erforderlichen Verwaltungsvorschriften. Sie übt die allgemeine Fachaufsicht – das heißt die rechtmäßige und zweckmäßige Wahrnehmung der Aufgaben der Bauaufsicht – über die Bezirksregierungen aus. Speziell auf dem Gebiet der Bauaufsicht übt sie die Sonderaufsicht gegenüber den oberen und unteren Bauaufsichtsbehörden aus und hat ein Weisungsrecht. Ferner ist sie zuständig für die Erteilung allgemeiner Genehmigungen für bauliche Anlagen, die in derselben Ausführung an mehreren Stellen errichtet werden sollen (Typengenehmigung). Sie kann bestimmen, dass Ausführungsgenehmigungen für Fliegende Bauten nur durch bestimmte Bauaufsichtsbehörden erteilt werden dürfen.